حذرت منظمة السلامة الغذائية الأمريكية من استعمال خيط تنظيف الأسنان بسبب الأضرار المحتملة التي يمكن التعرض لها خلال عملية التنظيف بالخيط سواء على الأسنان أو اللثة.
وكشفت الدراسات الأمريكية أن التنظيف بالخيط الطبي لا يعتبر الطريقة الأمثل في العناية بالأسنان مقارنة بالفرشاة، وخاصة أن العديد من الأشخاص يستعملونه بشكل خاطئ وهو الأمر الذي يساهم في تراكم البكتيريا والجير في لثة الأسنان.
ويرفع خيط تنظيف الأسنان من خطر الإصابة بأمراض اللثة والآلام الشديدة التي تصيب الأسنان، إذ أنه يزيد من خطر حدوث جروح والتهابات في اللثة، كما أن الاكثار من استخدامه بقوة يمكن أن يضعف قوة الأسنان والضروس ويفقدها قوتها وثباتها مع المدة.